Topp 50 mest efterfrågade svampar: Ny sökfunktion zoomar in på den mörka svampdiversiteten

Morning Routine Life Hacks - 35 Life Hacks and DIY Projects You Need to Try! (Juni 2019).

Anonim

Det finns många miljoner oskyddade svampar, och offentliga DNA-sekvensdatabaser innehåller tusentals svampsekvenser som inte kan tilldelas någon känd svampgrupp med förtroende. Många av dessa sekvenser har trossat robust taxonomisk uppgift i mer än 10 år.

Frustrerad vid denna situation presenterar en internationell forskargrupp en sökfunktion i UNITE-databasen för molekylär identifiering av svampar. Dess syfte är att belysa svamparna som vi minst vet, och bjuda in det vetenskapliga samfundet att lösa sin taksonomiska anslutning. Insatsen syftar till att överbrygga det väsentliga kunskapsklyftan mellan svamptaksonomi och molekylär ekologi genom en lista, författarna hänvisar till som "50 Most Wanted Fungi". Deras arbete presenteras i ett nytt forskningspapper som publiceras i open access journal MycoKeys.

Några 100 000 arter av svampar har beskrivits formellt, även om nuvarande uppskattningar sätter antalet extant svamparter till minst 6 miljoner. Det finns tydligen ingen brist på forskningsplatser i undersökningen av svampar - men finns det andra brister? Den stora mörka svampdiversiteten som upplöses med molekylära tekniker antyder att interaktionen mellan svamptaksonomi och DNA-sekvensering av miljösubstrat som jord och vatten inte nödvändigtvis är optimalt.

"Det finns ingen taxonomisk återkopplingsslinga på plats för att markera förekomsten av dessa gåtfulla linjer till det mykologiska samhället, och de hamnar ofta i sekvensdatabaser i flera år utan att locka till betydande forskningsintresse", förklarar författarna. "Mer än 10 år i vissa fall, faktiskt."

Därför presenterar forskarna, under ledning av Dr Henrik Nilsson, Göteborgs universitet, en sökfunktion som producerar listor med ungefärliga genusnivåklyftor av svamp-DNA-sekvenser vars taxonomiska anslutning vi nästan inte vet om. Dessa listor omräknas varje månad och redogör för eventuella uppdateringar och tillägg som bidrags av det vetenskapliga samfundet mellan varje iteration. Gemenskapens deltagande uppmuntras, och UNITE-databasen har omfattande stöd för annotering från tredje part.

Genom att sätta strålkastaren på dessa svampfamiljer hoppas Dr Nilsson och kollegor påskynda studien och formell beskrivning av de underliggande arterna. För att stödja forskare som fokuserar på valda grupper av svampar eller miljöer, tillhandahålls en uppsättning sökordsfiltrerade listor. Detta gör det möjligt för forskare att zooma in på okända svampar som återvinns, till exempel, från den byggda miljön eller vattenlevande livsmiljöer.

Kommenterar valet av ett namn på listan, klargör forskarna att de underliggande svamparna inte är skyldiga till något brott. "Det kan faktiskt inte sägas om hur de lever. Det är helt enkelt inte känt. Vi gör ingen påstående om vikten av dessa svampar, oavsett synvinkel - ekologiskt, ekonomiskt eller annars", betonar de. "Vi gör anspråk på deras unika, eftersom det är frustrerande, år 2016, att inte kunna tilldela en svampsekvens även på phylumnivå."

"Vi hoppas att den nuvarande publikationen kommer att tjäna för att ta ställning till dessa oförskämda delar av livets svamptree, och vi uppmanar läsaren att undersöka dem via våra onlineverktyg eller på annat sätt, " säger de.

menu
menu